16  Cálculos de Interações entre Moléculas

Para interação entre moléculas, é preciso considerar as interações dispersivas conforme discutimos no capítulo de DFT.

Essas interações podem ser computadas pelas correções DFT-D, conforme Section 7.6.3, que são implementadas em diversos pacotes de química quântica.

16.1 Cálculos de Interações Moleculares usando PySCF

Tip

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Para utilizar as correções DFT-D no PySCF, é necessário instalar o pacote pyscf-dispersion. Você pode instalar este pacote usando o pip:

pip install pyscf-dispersion
Figure 16.1: Dímero de água e superfície de isodensidade eletrônica da água (\(0.1\) em a.u.) calculado usando o PySCF e visualizado no Blender

Para um dímero de água, podemos calcular a energia de interação usando o método DFT com correções de dispersão. Abaixo está um exemplo de como fazer isso:

import pyscf

# dímero de água
mol = pyscf.M(
    atom = [['H', (-0.6305, -0.8758, 0.2588)], 
            ['O', (-1.5614, -0.8255, 0.5368)], 
            ['H', (-1.9991, -1.5191, 0.0288)], 
            ['O', (1.2821, -0.7524, -0.1108)], 
            ['H', (1.5168, 0.1326, -0.4203)], 
            ['H', (1.7973, -0.8645, 0.6993)]],
    basis = 'aug-cc-pvdz')

# cálculo de energia total usando DFT com B3LYP (sem correção de dispersão)
from pyscf.dft import KS

mf = mol.KS()
mf.xc = 'b3lyp' # B3LYP
mf.kernel()

Edft = mf.e_tot
print(f"Energia total (DFT): {Edft:.6f} Hartree")

## adicionando a correção de dispersão D3 com amortecimento de Becke-Johnson
mf.disp = 'd3bj' 
mf.kernel()

Edftd = mf.e_tot
print(f"Energia total (DFT-D): {Edftd:.6f} Hartree")

## cálculando a diferença de energia entre DFT e DFT-D

print(f"Correção dispersiva da energia: {(Edftd-Edft):.6f} Hartree")

cujo output será

Energia total (DFT): -152.896758 Hartree
Energia total (DFT-D): -152.898907 Hartree
Correção dispersiva da energia: -0.002149 Hartree

Podemos comparar esse resultado com o valor reportado por Temelso et al. (2011), que obtiveram uma energia de \(-152.779123\) Ha empregando o método RI-MP2 com correção CCSD(T). A boa concordância entre os resultados indica que o cálculo DFT-D reproduz adequadamente a energia do dímero de água, sugerindo também que a contribuição da correção de dispersão para essa interação é relativamente pequena.

16.2 Cálculos de Interações Moleculares usando VASP

Temelso, Berhane, Kaye A. Archer, and George C. Shields. 2011. “Benchmark Structures and Binding Energies of Small Water Clusters with Anharmonicity Corrections.” The Journal of Physical Chemistry A 115 (43): 12034–46. https://doi.org/10.1021/jp2069489.